先补充一下基本设定，《EVA》中最初发现的两个使徒被称为“亚当”和“莉莉丝”，它们诞生于“生命之树”，是宇宙生命的最高形态。之后发现的所有使徒都是“亚当之子”，唯有人类是“莉莉丝之子”。
使徒们拥有“生命之果”S2机关，可以提供无尽的能量，并保持它们巨大的身躯。而人类没有S2机关，他们在诞生之初选择了“智慧之果”，只能以大量的个体形态生存于世上。
EVA机体是亚当的复制品，唯有初号机是莉莉丝的复制品。但他们都是不完全体，既没有灵魂也没有S2机关。初号机在启动实验中，吸收了碇唯的灵魂，并且在暴走的情况下，受碇唯灵魂的支配。所以在断电后，初号机反而会变得更强。
在与力天使的战斗中，初号机在进入暴走状态时，吸收了力天使的一部分躯体。在吞噬过程中，获得了使徒的S2机关。“S2机关”是通向纯能量宇宙狄拉克之海的大门，可以源源不断的提供能量。
同时拥有人类的“智慧之果”和使徒的“生命之果”的初号机，觉醒为完全体，已经成为了接近神的存在。碾压力天使自然也是轻松愉快。
新剧场版与老TV版有些不同之处，初号机在受伤后直接觉醒，省去了吞食的环节。总之大家可以把初号机看做“人造神”，挣脱了人类给它安装的束缚器之后，就没有什么能阻止他们了。